Los investigadores han aprovechado los últimos avances en tecnología de ARN y métodos de aprendizaje automático para desarrollar una prueba de panel de genes que permite un diagnóstico muy preciso de los tipos más comunes de liposarcoma.

Distingue de forma rápida y fiable los lipomas benignos de los liposarcomas y puede realizarse en los laboratorios a un coste inferior al de las actuales pruebas "patrón oro".

El nuevo ensayo se describe en The Journal of Molecular Diagnosis, publicado por Elsevier.

"Los liposarcomas son un tipo de cáncer maligno difícil de diagnosticar porque, incluso bajo el microscopio, es difícil diferenciar los liposarcomas de los tumores benignos o de otros tipos de cáncer que necesitan tratamientos diferentes", explica el investigador principal Torsten Owen Nielsen, MD, PhD, del Centro de Evaluación de Patología Genética del Departamento de Patología y Medicina de Laboratorio de la Universidad de Columbia Británica, Vancouver, Canadá. "Muchos liposarcomas se parecen a sus homólogos benignos y relativamente comunes, los lipomas. El retraso en el diagnóstico y la incertidumbre provocan un gran estrés en los pacientes, y un diagnóstico erróneo puede tener muchas consecuencias, como un tratamiento retrasado o inadecuado o procedimientos quirúrgicos innecesarios y un seguimiento postoperatorio a largo plazo."

Entre las pruebas diagnósticas recomendadas actualmente para los liposarcomas, la inmunohistoquímica (IHC) es inexacta y difícil de interpretar, y la hibridación fluorescente in situ (FISH) es relativamente cara, además de requerir mucho trabajo y equipo.

En este estudio, los investigadores exploraron si la tecnología NanoString, ideal para analizar incluso el ARN de baja calidad, podría permitir un diagnóstico más rápido y rentable de los liposarcomas a través de la expresión génica.

Los investigadores utilizaron datos del Atlas del Genoma del Cáncer, un catálogo de información genética de más de 20.000 muestras de cáncer, para identificar los 20 genes más comunes que se sobreexpresan en los liposarcomas.

Las sondas para estos genes fueron diseñadas por la bioinformática de NanoString y ejecutadas en un conjunto de "muestras de entrenamiento" que incluían lipomas y liposarcomas.

El análisis de los resultados de NanoString mostró una clara separación entre los casos de lipoma y los de liposarcoma.

Se desarrolló un modelo de aprendizaje automático para determinar la probabilidad de que una determinada muestra fuera positiva para el liposarcoma y, a continuación, se aplicó a 45 casos retrospectivos para determinar los límites de las predicciones positivas y negativas.

La prueba se aplicó posteriormente en un entorno clínico real.

Se pidió a un tecnólogo molecular sin conocimiento de la información clínica, histológica, IHC o FISH de los casos que identificara cada muestra como liposarcoma o no liposarcoma a partir de los resultados de la prueba NanoString.

Las mismas muestras fueron examinadas por patólogos especializados mediante pruebas estándar.

Los casos retrospectivos y prospectivos sondeados por el ensayo NanoString tuvieron una tasa de éxito del 93 por ciento y coincidieron con las pruebas estándar el 97,8 por ciento de las veces.

Los resultados del ensayo NanoString estuvieron disponibles en 36 horas, mientras que los resultados de FISH tardaron entre una y dos semanas.

Los costes de NanoString ascendieron a 270 dólares por caso, teniendo en cuenta los reactivos, la mano de obra y el mantenimiento del equipo.

Los avances en biotecnología han resultado muy prometedores en otros tipos de cáncer, como el de mama.

"Aplicamos estas nuevas tecnologías para mejorar la atención a los pacientes en áreas en las que los métodos de diagnóstico existentes eran inexactos, lentos o costosos y vimos mejoras sustanciales. Esta prueba no está patentada; cualquiera puede aplicar el método que describimos, y estamos encantados de ayudar a otros a ponerlo en marcha en su propia institución", afirma el Dr. Nielsen.

La primera autora, Xiu Qing (Jenny) Wang, estudiante de cuarto año de medicina en la Universidad de Columbia Británica, añade que un diagnóstico preciso y rápido puede ser fundamental para los pacientes que se enfrentan a tumores a menudo difíciles y bastante grandes.

"Me siento orgullosa de formar parte de un equipo que ha logrado avances significativos para acercar esta prueba a la realidad clínica".

Este grupo publicó anteriormente un ensayo basado en NanoString para los sarcomas que llevan oncogenes de fusión de diagnóstico, que ya está en uso clínico.

Sin embargo, el tipo más común de liposarcoma lleva un tipo de mutación diferente (amplificaciones genéticas) y por eso no estaba cubierto.

Así pues, el presente estudio no sólo amplía los tipos de sarcoma que pueden diagnosticarse con precisión con diagnósticos basados en NanoString, sino que también muestra cómo puede detectarse una categoría diferente de mutación.

Esta estrategia podría ayudar a desarrollar diagnósticos para otros tipos de cáncer.

Fuente: Elsevier